C'est en 1805 que Bonaparte de retour d'Égypte décide d'encaserner les polytechniciens, indisciplinés à ses yeux, et de leur donner un statut militaire. L'École Polytechnique est alors installée sur le site rénové du Collège de Navarre.
Ce lieu historique où l'on peut encore découvrir les anciens vestiges des murs d'enceinte qu'avait fait construire Philippe Auguste entre 1190 et 1220, abrita au XIVe siècle le Collège de Navarre. Détruit pendant la guerre de 100 ans, à l'exception de la chapelle qui occupait approximativement l'emplacement de l'actuel Pavillon Foch, il fut reconstruit par Louis XI.
Lors de la Révolution , une partie des locaux fut louée à des particuliers, la chapelle servit de magasin à des librairies et un atelier de gravure fut installé dans les sous-sols de l'actuel bâtiment Joffre.
L'École resta sur le site jusqu'en 1976, date de son transfert sur le site de Palaiseau.
En 1977, l'Institut Auguste Comte s'installa à son tour sur le site. Supprimé en 1981, il laissa la place au ministère de la Recherche et de la Technologie.
Depuis lors, les locaux sont occupés par différents départements ministériels.
