Dans le cadre de sa relation avec ses opérateurs d’enseignement supérieur et de recherche, l’État signe avec ses établissements publics des contrats pluriannuels de site, intégrant un volet commun aux établissements d’un même site et des volets spécifiques par établissement. Le dialogue contractuel se déroule par vagues successives (de A à E) de sorte que l’ensemble des établissements contractualise sous cinq années.
Par ailleurs, un contrat d’objectifs et de performance (COP) est signé entre l’État et les organismes nationaux de recherche et des lettres annuelles d’objectifs sont adressées aux responsables de ces organismes par la Direction Générale de la Recherche et l’Innovation (DGRI).