Des interrogations se sont toutefois exprimées quant à la validité de cette procédure, du fait que des candidatures avaient été connues avant la publication de l'appel à candidatures, quant aux conditions de son déroulement et à la sélection des candidatures. Frédérique Vidal a été particulièrement attentive à ces questionnements et a choisi de saisir, début mars 2020, le Collège de déontologie du ministère, lui demandant d'exprimer son avis sur la procédure en cours.
Du fait de la période de confinement, le Collège de déontologie n'a pu se réunir avant le 29 mai 2020, il a transmis son avis à la ministre le 2 juin 2020. Très attachée à trouver une voie qui permette que la préparation de la désignation du prochain président ou de la prochaine présidente du H.C.E.R.E.S. soit totalement transparente et se déroule avec le plus grand respect des exigences déontologiques, la ministre choisit de rendre public cet avis du Collège de déontologie et de suivre la totalité de ses recommandations.
Ainsi, un nouvel appel à candidatures va être publié dans les prochains jours. L'ensemble des personnes qui ont exprimé leur candidature, avant ou après la publication du premier appel, en seront informées. Les candidatures seront ensuite examinées par une commission dont la composition sera également rendue publique ; elle comprendra des personnalités du monde de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation exerçant leur fonction en France ou à l'étranger.
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