Les principaux sites universitaires
Les trois pôles les plus importants de Bourgogne-Franche-Comté, Dijon, Besançon et Belfort-Montbéliard accueillent 87 % des étudiants du territoire. D'autres pôles sont constitués autour de Nevers, Le Creusot, Chalon-sur-Saône, Auxerre, Maçon, Cluny et Vesoul. Ce maillage territorial est à l'origine de la structuration du site sous la forme d'une université fédérale de recherche dont le siège est à Besançon. L'Université de Bourgogne-Franche-Comté, regroupant les principaux établissements d'enseignement supérieur de la région, a porté l'I-Site BFC jusqu'à son arrêt en juin 2021. Besançon accueille également le siège de la région académique et du Crous régional.
Les établissements sous tutelle du MESR
Il existe au total 2 universités en Bourgogne-Franche-Comté :
- Université de Bourgogne : 33 418 étudiants, dont 28 540 à Dijon, 30 structures de recherche,
- Université de Franche-Comté : 27 000 étudiants, 23 structures de recherche.
1 ComUE :
- ComUE Université Bourgogne Franche-Comté : 67 000 étudiants, 57 structures de recherche
Les organismes de recherche
Les trois axes forts développés dans le cadre de l'initiative d'excellence I-Site BFC, arrêtée en juin 2021, continuent de structurer les activités scientifiques de la région : Matériaux avancés, ondes et systèmes intelligents ; Territoires, environnement, aliments ; Soins individualisés et intégrés. En complément, l'Université de Bourgogne-Franche-Comté travaille à l'émergence d'un 4ème axe dans le domaine des Sciences humaines et sociales. Les domaines phares du site se retrouvent dans les productions scientifiques régionales. La physique et la biologie appliquée à l'écologie sont les disciplines qui présentent les plus fortes parts nationales (8e et 9e rang) et les meilleurs indices d'activité et d'impact, avec également une bonne visibilité pour les sciences de l'ingénieur et les mathématiques. 5 organismes de recherche se trouvent en Bourgogne-Franche-Comté :
- Le Centre National de Recherche Scientifique (CNRS) ayant trois implantations en Bourgogne-Franche-Comté : Dijon, Besançon et Belfort et dont les laboratoires du regroupement sont administrés par la délégation Centre-Est, située à Nancy,
- L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) en Bourgogne-Franche-Comté axe ses recherches sur l'agroécologie, le goût et l'alimentation, les territoires ruraux et périurbains. Le centre est localisé sur plusieurs sites, dont l'implantation principale est sur le campus universitaire de Dijon,
- L'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM) dispose d'une unité de recherche en région Bourgogne-Franche-Comté, l'UMR1231 "Lipides, Nutrition, Cancer". Cette structure génère sa richesse scientifique par la diversité de ses thématiques qui implique des chercheurs de haut niveau et reconnus internationalement dans des domaines aussi variés que la biologie du cancer et la génétique du développement,
- Le Commissariat à l'énergie atomique (CEA) de Valduc est situé à 45 km de Dijon et est rattaché à la Direction des applications militaires du CEA,
- Le Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM) en Bourgogne-Franche-Comté est au tout premier rang des fournisseurs de données du sous-sol dans la région. Il travaille avec les collectivités, les services de l’État ou entreprises privées afin d'apporter des réponses opérationnelles aux questions du territoire.