La fondation de coopération scientifique (F.C.S.) Bourgogne-Franche-Comté
La fondation F.C.S. « E.S.T.H.-Innovation Université » a été créée en décembre 2010. Elle a pour membres fondateurs l’Université de Bourgogne, l’Université de Franche-Comté, l'Université deTechnologie de Belfort-Montbéliard, le C.H.R.U. de Besançon, le C.H.U. de Dijon, l’Ecole nationale supérieure de mécanique et des microtechniques de Besançon (E.N.S.M.M.), AgroSup Dijon, l’Etablissement Français du Sang (E.F.S.) et le Centre de lutte contre le cancer de Bourgogne 'Georges-François Leclerc' (C.G.F.L.).
Son activité principale est le portage des projets du Programme des Investissements d’Avenir (P.I.A.) de ses partenaires.
Le Polytechnicum de Bourgogne-Franche-Comté
Initialement sous statut d'association créée en 2010, les membres du Polytechnicum Bourgogne-Franche-Comté ont souhaité poursuivre leurs collaborations au sein de la COMUE Université Bourgogne-Franche-Comté.
Ainsi, intégré depuis 2015 à U.B.F.C., le Polytechnicum s'attache à faire émerger, impulser et fédérer des projets de développement entre ses membres à destination des étudiants, et à favoriser les transferts de savoir et d'expériences en vue de renforcer l'attractivité et la compétitivité des établissements et des territoires de Bourgogne-Franche-Comté.
Le Polytechnicum d'U.B.F.C. regroupe 10 écoles d'ingénieurs et de managers : des composantes de l'Université de Bourgogne (ESIREM, ISAT, I.A.E. Dijon), des composantes de l'Université de Franche-Comté (I.S.I.F.C. et I.A.E. de Franche-Comté), ainsi que l'Universités de Technologies (U.T.B.M.) et les Grandes Ecoles et Instituts de la région (E.N.S.M.M., B.S.B., AGROSUP Dijon et les Arts et Métiers Paris Tech campus de Cluny).
Le Réseau franco-suisse Environnement-Homme-Territoires
Le réseau franco-suisse "Environnement-Homme-Territoires" est porté en France par le laboratoire Chrono-Environnement, avec des actions aux niveaux de la recherche (exemple de la Zone Atelier de l'Arc Jurassien) , de la formation (master en double diplôme) et de l'innovation.
Ce sont les acteurs de ce réseau franco-suisse, ainsi que ceux du GIS Agrale qui fédérait les équipes dijonnaises en matière d'enseignement et de recherches agronomiques jusqu'en mai 2016, qui ont structuré l’action prioritaire n° 2 du projet ISITE-B.F.C. : « Agroalimentaire, Territoires et Environnement »
Pôle Bourgogne Vigne et Vin
Le pôle B.V.V. , créé en juillet 2015 sous forme de G.I.P., regroupe l'ensemble des acteurs régionaux de la recherche, de la formation et du transfert du secteur stratégique de la viti-viniculture. Il est hébergé au sein de l’Institut de la vigne et du vin Jules Guyot de l’université de Bourgogne.
Il associe à la filière, représentée par le Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne (BIVB), l’Université de Bourgogne, les écoles Agrosup Dijon et B.S.B. , l’I.N.R.A., le pôle de compétitivité Vitagora, les collectivités territoriales, le ministère de l’agriculture et les chambres consulaires.
Le Cancéropôle Grand Est (C.G.E.) auquel est rattachée la Bourgogne-Franche-Comté
Le Cancéropôle G.E. fédère, autour de projets de recherche collaboratifs, plus de 900 chercheurs et cliniciens appartenant à plus de 150 équipes de recherche en ex-Alsace, Bourgogne, Champagne-Ardenne, Franche-Comté et Lorraine. Le cancéropôle G.E. regroupe au sein de ces régions les collectivités territoriales, les universités, les C.H.U. et les centres de lutte contre le cancer, autour de projets ayant trait à l’épidémiologie, à la santé publique et à la biologie.
G.I.E. Pharm'image
Le Pôle d'excellence régionale de pharmaco-imagerie Pharm’image est un projet transversal axé sur l’utilisation, la mise au point de traceurs et la détermination de biomarqueurs capables de permettre le suivi de l’efficacité des traitements et la sélection de molécules plus actives. Ce GIE s'adosse au pôle de Pharmaco-imagerie de Dijon, organisé en Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS), et qui associe le CHU de Dijon, le CGFL, le CEA de Valduc, le GIE Pharm’image et l’UB.
G.I.S. Interrégional de santé publique du Grand-Est (IR.é.Sa.P.-Grand Est).
Le Groupement d'Intérêt Scientifique IR.éSaP. fédère les institutions (universités, CHU, agences de santé, Cancéropôle Grand Est) des 5 anciennes régions du Grand Est dans une perspective transdisciplinaire dans le domaine de la santé.
G.I.E. Pôle interrégional de gérontologie en Bourgogne-Franche-Comté
Une des missions du Pôle de Gérontologie et d'Innovation (P.G.I.) est le développement économique par la valorisation industrielle de la recherche en région en favorisant l’innovation autour de la gérontologie. Les C.H.U. de Besançon et de Dijon, ainsi que les universités de Bourgogne et de Franche-Comté, participent à ce pôle.