Il répond à la volonté de Frédérique Vidal, ministre de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation et Didier Guillaume, ministre de l'Agriculture et de l'Alimentation, de doter la France d'un établissement leader sur les questions d'agriculture, d'alimentation et d'environnement notamment complémentaire d'AgroParisTech, établissement-composante de l'Université Paris Saclay.
Réunissant en 2020 les équipes de Montpellier SupAgro et d'Agrocampus Ouest, il apportera un soutien renforcé aux acteurs des filières agricole et alimentaire pour conduire les transitions agro-écologiques, alimentaires, numériques et climatiques grâce à ses contributions en matière de formation, de recherche, d'innovation, ,et d'appui à l'enseignement technique agricole.
Il formera les ingénieurs et chercheurs attendus par les professionnels pour réussir ces transitions, améliorer notre compétitivité et renforcer notre positionnement à l'international. L'institut Agro a également une mission spécifique d'appui à l'enseignement technique agricole et participe notamment à la diffusion de l'agro-écologie dans les lycées agricoles du ministère de l'agriculture et de l'alimentation.
Étroitement lié à l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, INRAE, créé à la même date, il participera activement aux politiques de site de l'enseignement supérieur français et sera un atout pour les grandes universités de recherche. Ces partenariats d'excellence et ses forts ancrages territoriaux lui seront essentiels pour remplir sa mission avec le soutien des régions dans lesquelles il est installé.