Procédure de contrôle
L’administration fiscale peut demander aux contribuables tous renseignements relatifs à la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR mentionné à l’article 244 quater B du CGI.
Pour un CIR calculé au titre d'une année N, la déclaration n° 2069-A-SD est déposée en année N+1. Dans ce cas, l'administration fiscale pourra vérifier la déclaration dans un délai allant jusqu'au 31 décembre de l'année N+4.
Ce contrôle s’étend également aux documents déposés en vue d’obtenir des remboursements. Lors du traitement d’une demande de remboursement, l’administration peut solliciter l’entreprise afin qu’elle fournisse les pièces justificatives nécessaires à l'étude de sa demande. Il s'agit d'une vérification et non d'un contrôle fiscal en tant que tel.
Il est rappelé que le remboursement ne vaut pas validation du CIR.
Intervention du MESR dans la procédure de contrôle
L’administration fiscale demande à l’entreprise contrôlée, par courrier, de présenter un dossier accompagné des pièces justificatives.
Elle procède, dans un premier temps, à la vérification de l’assiette du CIR, c'est-à-dire les éléments déclarés et leur comptabilisation.
Dans un second temps, elle procède au contrôle du caractère scientifique des projets, en confrontant les éléments communiqués par l’entreprise avec les définitions établies par la doctrine fiscale (BOFiP).
L’administration fiscale peut également saisir le MESR pour procéder à un examen scientifique des opérations de R&D déclarées.
Pour vérifier l’éligibilité des dépenses déclarées, le MESR dispose d’un réseau d’experts scientifiques sur l’ensemble du territoire national. Il s'agit d’experts exerçant ou ayant exercé leur activité professionnelle dans des organismes de recherche ou établissements publics. Ils sont au fait de l’état des connaissances dans les différents domaines de recherche, ne sont pas dans une situation de conflit d’intérêt et sont soumis au secret fiscal.
L’expertise est conduite soit par le MESR en administration centrale, soit par la délégation régionale académique à la recherche et à l’innovation (DRARI) de la région où est située l’entreprise contrôlée.
Lorsqu’ils le jugent nécessaire, les services du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, et avant rédaction de l’avis final, peuvent adresser à la société contrôlée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours.
Si les éléments fournis par l’entreprise en réponse à cette demande ne permettent pas de mener l’expertise à bien, l’agent chargé du contrôle peut envoyer à l’entreprise contrôlée une seconde demande d’informations à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de trente jours.
Une rencontre peut être organisée avec l’entreprise. Il s’agit pour le MESR d’une faculté et non d’une obligation. Il est alors vivement conseillé à l’entreprise de mobiliser à cette occasion son (ses) responsable(s) R&D afin de permettre un échange sur la science avec les experts. En effet, ces échanges ont vocation à permettre à l’entreprise de bien appréhender les attentes du MESR et répondre ainsi au mieux aux interrogations des experts. Au préalable de la rencontre, un pré-rapport (ou des remarques préliminaires) peut être adressé à l’entreprise pour lui permettre de préparer au mieux ces échanges.
Au terme de l’expertise scientifique menée par le MESR, un avis définitif, consultatif, sera notifié à l’entreprise ainsi qu’à l’administration fiscale, seule compétente pour en tirer toutes les conséquences utiles.
Constitution du dossier justificatif
Le dossier justificatif demandé lors d'un contrôle comprend le dossier scientifique et le tableau des éléments financiers.
Le dossier doit comporter une description scientifique et technique rédigée en français par les personnels R&D qui ont contribué aux travaux déclarés.
Le dossier doit également comporter un tableau récapitulant les éléments financiers qui devra être constitué en parallèle de la rédaction du dossier justificatif scientifique. La société devra donc justifier les dépenses afférentes conformément au fichier excel ci-dessous.
Il est conseillé de faire apparaître la ou les disciplines de recherche fines dont relèvent les opérations de R&D décrites en s'appuyant sur la nomenclature proposée, afin que le MESR sollicite l'expert le plus proche scientifiquement des opérations déclarées.
Conseils pour compléter le fichier EXCEL
Concernant la justification des dépenses de personnel, l’entreprise doit veiller à justifier précisément pour chaque personnel et pour chaque opération de R&D sa contribution directe dans l’acquisition des connaissances scientifiques nouvelles. L’entreprise doit s’assurer de l’adéquation entre les temps déclarés et les travaux décrits.
Concernant la justification des dépenses de sous-traitance, l’entreprise doit décrire la contribution de chaque sous-traitant et fournir en annexe si nécessaire contrats, livrables, etc.
Chaque année le MESR met à jour un guide du CIR à destination des entreprises pour, notamment préparer leur déclaration et dossier justificatif.
Activités d'innovation hors R&D (CII)
La saisine du MESR se limite uniquement à l’expertise des travaux de R&D.
Seul le Ministère de l’Économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique est compétent pour examiner la réalité de l’affectation des dépenses au titre du crédit impôt innovation (CII).
